尽管早在2008年就已经进入起草阶段，但《工资条例》此后的历程并不顺利。2009年-2010年的两年间，国资委、全国工商联、全国总工会又开始相继就各自重点问题进行调研。其中，国资委企业分配局的调研主要针对央企，其内容涉及央企的劳务用工总量、用工形式以及劳务派遣等方面。在调研中，国资委提出，要逐步将其他从业人员工资纳入工资总额管理，规范使用和规范管理外部劳务人员。这一问题，此后被描述为《工资条例》中争议较大的有关“同工同酬”的规定。

而全国总工会则侧重通过建立工会组织，来建立起企业工人的工资集体协商机制。目前，全国总工会已经要求各地尽快建立起企业的工会组织，并提出从今年开始到2013年，全国已建工会组织的企业工资集体协商建制率达到80%。张车伟说，如果企业内部没有一个统一协商组织，在遇到工资增长、拖欠工资等问题时，劳方的利益得不到保障，因为相对于资方，劳方是弱势的。

2010年7月，人社部下属劳动保障科学研究院研究员杨永琦对外称，《工资条例》草案已经完成，将于近日上报国务院。同年，《工资条例》进入国务院二类立法计划。不过，很快《工资条例》出台的希望就破灭了。今年7月25日，人社部新闻发言人尹成基在一次新闻发布会上对外明确称，《工资条例》还在研究和论证中，没有具体出台时间。人社部有关部门人士向记者透露，“人社部已经内部通知，要求避谈《工资条例》。因为一些争议目前来看，短时间内很难解决，而这些问题也不是人社部能解决的。现在允诺出台的时间表，只会让以后的工作更加被动。”